На самом деле ничего не поменялось у 6ступки, какой-то мелкий баг поправили, но всё остальное осталось без изменений, так что поменять и забыть - не получиться.
Если есть деньги менять всю АКПП (плюс ещё немного) - лучше "попотейте" и постарайтесь найти СТО которая взялась бы поменять на 722-ю 5ст АКПП. Если машину ещё долго собираетесь пользовать, то я бы заморочился с 5ступкой.
Насколько я понял - всё устанавливается болт-он, но есть ньюансы:
1. С мостами (возможно и с раздаткой) - надо проверять передаточные числа. Вроде как читал тему человека, который поставил 5 ступку, он менял и мосты тоже, чтобы чуть более комфортно передвигаться по трассе (соотношение скорость/обороты двигателя важнее). Но говорят что можно и не менять - тогда бешеная тяга будет

(хорошо для грузоперевозок, больших колёс и бездора), просто на скорости 120 будет чуть более 3К оборотов, ну и расход соответственно

Короче нужно смотреть и подбирать.
2. Ещё из того что я понял, самая сложная задача - разобраться с проводкой и мозгами (нужны мозги от новой АКПП). Хотя я так понимая при наличии хороших электриков с прямыми руками - думаю не проблема.
В общем - если хотите бысстро и подешевле, то может попробуйте перебрать свою 6-ступку. Менять на такую же даже новую - ИМХО такая же лотерея.
Удачи.